Das Stiftsmuseum befindet sich seit 1861 im ehemaligen Kapitelhaus des Stiftes St. Peter und Alexander, das bis auf die Gründung des Stiftes im 10. Jahrhundert zurückreicht.
Die Anlage umschließt gemeinsam mit der Stiftskirche den romanischen Kreuzgang (1240 - 1245).
Unter dem Motto „Pracht und Glaube des Mittelalters“ wird seit 2009 der mittelalterliche Stiftsschatz St. Peter und Alexander präsentiert, der zu den bedeutendsten Ensembles seiner Art in Deutschland gehört und der letzte große Kirchenschatz ist, der bisher noch in den Tresoren einer Sakristei verborgen lag. Mit den Silberbüsten des heiligen Petrus und Alexander, dem „Aschaffenburger Brettspiel“, dem „Reliquienkalender Kardinal Albrechts von Brandenburg“, kostbaren liturgischen Gefäßen und wertvollen Handschriften sowie dem um 1240 geschaffenen „Aschaffenburger Tafelbild“ sind äußerst seltene und vortreffliche Zeugnisse der Kunst des Mittelalters an einem Ort vereint. Das Kernstück der neuen Dauerausstellung bildet der berühmte Magdalenenaltar aus der Werkstatt Lucas Cranachs des Älteren.