Die St.-Johannis-Kirche ist das älteste Baudenkmal der Stadt und wurde im Jahr 1237 erstmals schriftlich erwähnt. Der Bau der Kirche geht bis ins 12. Jahrhundert zurück. Zu Beginn des 15. Jahrhunderts entstand der gotische Chor. In den folgenden Jahrhunderten prägten die unterschiedlichen Epochen einen stilistischen Baumix. Seit dem Jahr 1542 ist St.-Johannis die wichtigste reformierte Kirche und dient heute als Stadtpfarrkirche der evangelischen Gemeinde. Nach schwereren kriegerischen Zerstörungen 1554 und im Zweiten Weltkrieg wurde das Gotteshaus jeweils wieder schnell aufgebaut. So sind zahlreiche Kunstwerke aus katholischer Zeit erhalten geblieben.
Besonders sehenswert: der Taufstein mit seiner originalen Malerei (1367), die barocke Kanzel (1694) und der klassizistische Hochaltar (Ende 18. Jh). Im Inneren finden sich zahlreiche alte Grabdenkmäler, die Zeugnis geben von der wichtigen Bedeutung als kirchliches Bauwerk zwischen Bamberg und Würzburg.
Führungen können über die Tourist-Information Schweinfurt 360° gebucht werden.